Στο Δήμο Μυκόνου υπάρχει μεγάλος αριθμός εγκεκριμένων πράξεων καθορισμού οριογραμμών αιγιαλού και παραλίας, που καλύπτει σχεδόν όλο το μήκος των ακτών της, ενώ παράλληλα, ο οικισμός της πόλης της Μυκόνου έχει κηρυχθεί ως χρήζων ειδικής κρατικής προστασίας. Οι κηρυγμένοι παραδοσιακοί οικισμοί στο Δήμο Μυκόνου είναι η Χώρα και η Άνω Μερά, ενώ τέλος, όλο το νησί της Μυκόνου έχει χαρακτηριστεί ως Τοπίο Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους, ενώ στο νησιωτικό σύμπλεγμα της Μυκόνου, Δήλου και Ρήνειας έχουν καθοριστεί ειδικοί όροι και μορφολογικοί περιορισμοί για τη δόμηση.
Η μελέτη αποτελείται από έξι βασικά κεφάλαια:
Κεφάλαιο 1. Αναπτυξιακός χαρακτήρας – Προοπτικές ευρύτερης περιοχής μελέτης
Κεφάλαιο 2. Κατευθύνσεις και ρυθμίσεις χωρικής ανάπτυξης και οργάνωσης υπερκείμενων επιπέδων σχεδιασμού για την ευρύτερη περιοχή
Κεφάλαιο 3. Παρουσίαση υφιστάμενων χρήσεων γης, όρων και περιορισμών δόμησης στη ζώνη άμεσης επιρροής περιοχής μελέτης
Κεφάλαιο 4. Τεκμηρίωση χωρικού προορισμού
Κεφάλαιο 5. Πρόταση χωρικού προορισμού περιοχής παρέμβασης
Κεφάλαιο 6. Πρόγραμμα ενεργοποίησης του Ειδικού Πολεοδομικού Σχεδίου (Ε.Π.Σ.).
Η κύρια μελέτη του Ε.Π.Σ. (στην οποία ενσωματώνεται και το συγκοινωνιακό – κυκλοφοριακό κεφάλαιο) περιλαμβάνει, ως υποστηρικτικές μελέτες, τη Στρατηγική Μελέτη Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (Σ.Μ.Π.Ε.), την ποκαταρκτική μελέτη γεωλογικής καταλληλότητας, την υδραυλική μελέτη οριοθέτησης των υφιστάμενων υδατορεμάτων, εντός των προς πολεοδόμηση περιοχών και την τοπογραφική μελέτη αποτύπωσης των προς οριοθέτηση ρεμάτων.